一種提高肽碎片化的方法,通過用胍基或其他堿性官能團在C末端標記肽并且在多肽測序期間區(qū)分同量異序氨基酸和以下氨基酸組合:天門冬酰胺和甘氨酸?甘氨酸;谷氨酰胺和甘氨酸?丙氨酸;和/或谷氨酰胺和丙氨酸?甘氨酸。該方法包括:獲得感興趣的肽和/或用如胃蛋白酶、糜蛋白酶或胰蛋白酶之類的蛋白酶水解或通過化學(xué)切割感興趣的多肽以產(chǎn)生較短的肽;將獲得和/或產(chǎn)生的肽與使肽的游離C末端羧酸官能衍生化的偶聯(lián)劑反應(yīng),因而添加使C末端肽碎片離子通過質(zhì)譜可檢測的堿性官能團;選擇2+或更多的荷電狀態(tài),且在質(zhì)譜儀中在對于產(chǎn)生至少w離子有效的條件下使衍生化的肽碎片化;和通過質(zhì)譜檢測w離子,且鑒別摻入堿性官能團的額外質(zhì)量的衍生化的肽。
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