一種基于計(jì)算機(jī)上與疾病基因相關(guān)的藥物發(fā)掘系統(tǒng)的生成方法和系統(tǒng)。系統(tǒng)包括后端數(shù)據(jù)存貯服務(wù)器,可連接位于因特網(wǎng)或局域網(wǎng)上的生物醫(yī)學(xué)文本數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器,疾病相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器,及基因或蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)。后端數(shù)據(jù)存貯服務(wù)器連接前端的查詢服務(wù)器,可對(duì)用戶感興趣的疾病在現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫(kù)資料中進(jìn)行查詢和統(tǒng)計(jì)分析,并存儲(chǔ)與疾病(致病或易感)基因最相關(guān)的蛋白質(zhì),與疾病基因最相關(guān)的生化藥物,和與疾病基因最相關(guān)的蛋白質(zhì)-生化藥物連通圖譜。所述系統(tǒng)可用于尋找與疾病誘導(dǎo)或治療相關(guān)的生化藥物。系統(tǒng)還可用來(lái)發(fā)現(xiàn)并比較設(shè)計(jì)藥物分子機(jī)理或毒理,或輔助定向生成小分子化學(xué)藥物篩選庫(kù)。