本發(fā)明實施例公開了一種基于圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的分子性質(zhì)預(yù)測方法和系統(tǒng)，所述方法包括：獲取待預(yù)測分子的數(shù)據(jù)文件，并將所述數(shù)據(jù)文件轉(zhuǎn)換為圖數(shù)據(jù)，所述圖數(shù)據(jù)包括多個節(jié)點和多個邊，所述節(jié)點表征構(gòu)成所述待預(yù)測分子的原子，所述邊表征所述帶預(yù)測分子的化學(xué)鍵；將所述圖數(shù)據(jù)輸入預(yù)先訓(xùn)練的分子性質(zhì)預(yù)測模型，以得到所述待預(yù)測分子的分子特性；其中，所述分子性質(zhì)預(yù)測模型是根據(jù)分子圖樣本訓(xùn)練得到的，所述分子圖樣本為數(shù)據(jù)文件樣本轉(zhuǎn)換而成的無向圖，無向圖中的節(jié)點表示組成分子樣本的原子，所述無向圖中的邊表示所述分子樣本的化學(xué)鍵。該方法和裝置能夠契合分子性質(zhì)預(yù)測的特點，利用預(yù)先訓(xùn)練的分子性質(zhì)預(yù)測模型，快速準(zhǔn)確地輸出分子性質(zhì)。