本發(fā)明公開了一種基于投影鄰域非負(fù)矩陣分解的lncRNA蛋白質(zhì)關(guān)聯(lián)預(yù)測方法，首先，根據(jù)lncRNA序列、lncRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)序列、蛋白質(zhì)的GO功能注釋數(shù)據(jù)以及l(fā)ncRNA和蛋白質(zhì)的交互網(wǎng)絡(luò)，計算得到多種lncRNA特征、蛋白質(zhì)特征、lncRNA相似矩陣和蛋白質(zhì)相似矩陣。其次，將多種lncRNA相似網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行融合得到整合的lncRNA相似網(wǎng)絡(luò)，將多種蛋白質(zhì)相似網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行融合得到整合的蛋白質(zhì)相似網(wǎng)絡(luò)。最后，結(jié)合整合的lncRNA(蛋白質(zhì))相似網(wǎng)絡(luò)和多種lncRNA(蛋白質(zhì))特征，提出了一種特征投影的鄰域非負(fù)矩陣分解算法來預(yù)測lncRNA蛋白質(zhì)的潛在交互。本發(fā)明不僅能準(zhǔn)確的預(yù)測新的lncRNA蛋白質(zhì)交互，同時還可以預(yù)測沒有關(guān)聯(lián)任何lncRNA(蛋白質(zhì))的新的蛋白質(zhì)(lncRNA)，有效的避免了生物化學(xué)實驗導(dǎo)致的高人力物力消耗。